La secuencia de aguas residuales podría ayudar a predecir picos en COVID-19

diciembre 16, 2021 § Deja un comentario

Por Simon Barnett y Ali Urman | @sbarnettARK
Analista
UNIVERSIDAD DE HOKKAIDO

La secuenciación de aguas residuales es una herramienta de vigilancia que podría predecir las tasas de casos de COVID-19 (SARS-CoV-2) en las comunidades, como se muestra aquí . Si bien es técnicamente desafiante, el método podría servir como advertencia temprana de que la tasa de casos medida por muestras clínicas secuenciadas está a punto de aumentar.

Recientemente, Ginkgo Bioworks (DNA) se asoció con Biobots, una empresa centrada en la epidemiología de las aguas residuales, para medir la correlación entre la secuenciación de las aguas residuales y las tasas empíricas de casos de COVID-19 en los 50 estados. Adaptando Kallisto, una herramienta computacionalmente intensiva utilizada en la secuenciación de ARN para detectar isoformas, Ginkgo y Biobots han podido descubrir variantes de COVID-19 a partir de la referencia general.

Usando Kallisto para realizar un análisis de aguas residuales en Massachusetts, los científicos descubrieron un pico intenso en el virus de ARN a principios de diciembre, lo que sugiere la posibilidad de un aumento significativo de casos durante las próximas semanas. Supervisaremos los resultados en Massachusetts para evaluar el éxito y la promesa de Kallisto.

Si los resultados de este proyecto son positivos, Kallisto podría facilitar los esfuerzos para predecir crisis de salud pública, incluida la detección de patógenos y productos químicos a escala poblacional. A medida que continúa la pandemia de COVID-19, la secuenciación de aguas residuales podría predecir picos causados ​​por variantes existentes y emergentes.

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